Početkom 2007. godine, Akademija je sa Upravom carina Crne Gore potpisala Memorandum o saradnji (akt broj 286/1 od 27.02.2007. godine), na osnovu kojeg pripremamo nastavne planove i programe i organizujemo određene segmente osnovne obuke i stručnog i specijalističkog usavršavanja službenika/ca Uprave carina.

Obuka se realizuje iz sljedećih tematskih oblasti:

•    sprečavanja širenja oružja za masovno uništenje (sa Graničnom policijom),
•  sprečavanja krijumčarenja narkotika i kradenih vozila preko državne granice (sa   Graničnom policijom),
•    obuka trenera,
•    bezbjednog rukovanja oružjem,
•    falsifikovanje dokumenata,
•    međunarodne istrage u vezi roba dvostruke namjene,
•    ilegalne migracije i trgovina ljudima itd.

Od početka 2007. do septembra 2010. godine, kroz više od 20 različitih kurseva i seminara iz oblasti stručne i specijalističke obuke, učestvovalo je 185 službenika Carine.
Pored navedenog, na Akademiji je, tokom 2008. godine, organizovana i jednomjesečna osnovna obuka, koju je završilo 45 carinika.